2285年，联邦星舰进取号在与可汗的战斗中严重受损，返回地球太空港接受维修。柯克仍沉浸在斯波克去世的悲痛之中，而麦科伊医生则表现出一系列异常举动：他擅自闯入被封锁的斯波克旧舱房，还不断胡言乱语，最终被送往医院接受精神检查。与此同时，斯科提被调往联邦星舰精进号，星际舰队指挥部也对刚刚形成的创世星发布了禁入令，柯克更得知进取号即将退役。
斯波克的父亲沙瑞克找到柯克，告诉他斯波克的遗体必须送回瓦肯星，否则他的灵魂将无法安息。他要求柯克返回创世星，找到斯波克的遗棺并带回瓦肯星。由于斯波克临终前曾与麦科伊进行心灵融合，承载着斯波克灵魂的麦科伊也必须一同前往瓦肯星。
然而，星际舰队拒绝让已经老旧的进取号离开太空港。麦科伊出院后得知这一消息，试图自行寻找飞船返回创世星，却在与人争执时被逮捕。尽管如此，这并没有动摇柯克的计划，在斯科特、苏鲁、乌乎拉和切科夫的帮助下，他们仍决心展开行动。
